Заповедник создан 3 октября 1963 года. Название заповеднику дал хребет Большой Хехцир, являющийся ядром охраняемой территории. Само слово «Хехцир» происходит, по версии В. К. Арсеньева, от имени нанайского охотника, давным-давно охотившегося в этих местах. Заповедник создан для сохранения уникальных изолированных ландшафтов Уссурийской тайги хребта Большой Хехцир вблизи Хабаровска, одного из крупнейших городов Дальнего Востока.

Площади заповедной и охранной территорий составляют соответственно 45439 гектаров и 10700 гектаров. Расположен заповедник в административных границах Хабаровского муниципального района края, а его охранная зона - в пределах Хабаровского и имени Лазо муниципальных районов края.
В заповеднике из видов, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, встречаются такие виды животных и растений, как тигр амурский, скопа, дальневосточная черепаха, бразения Шребера, башмачок настоящий, бородатка японская, махаон Маака и другие.
На коротком высотном профиле по хребту Большой Хехцир в заповеднике оказались почти все типы наземных экосистем, существующие в Среднем Приамурье.
В заповеднике проводятся экскурсии в музее Природы, организуются прогулки по лесу с экскурсоводом.
Имеются экологические тропы, на которых можно увидеть наиболее характерные дальневосточные породы деревьев, познакомиться с эндемичными лекарственными растениями.
Весной и в начале лета посетители могут увидеть и услышать на маршрутах разнообразных птиц, многие из которых - эндемики Дальнего Востока.
Экологическая тропа выходит на берег Амура, откуда открывается великолепный вид на горный хребет Большой Хехцир.